6163银河的前身是甘肃农业大学原农学系植物保护教研室，始建于1959年并开始招生，至1969年共培养四年制本科生6届。1980年成立植物保护系，1983年开始恢复招收植物保护专业本科生，曾先后开办过植物保护专业专科、植物保护与检疫专业夜大专科、森林保护专业专科、生物资源开发与利用技术专业专科等。1993年植物病理学二级学科获得硕士学位授予权，2000和2003年农业昆虫与害虫防治二级学科和农药学二级学科相继获硕士学位授予权。1994年植物病理学二级学科被确定为甘肃省高等学校省级重点学科，2002年至今植物保护一级学科被评为甘肃省高等学校省级重点学科。2004年批准设立作物保护博士学位授权点，2005年获植物保护一级学科硕士学位授予权。2016年6月成立6163银河,2018年开设森林保护专业，植物保护专业2019年、2022年分别获批国家双万计划省级和国家级一流本科专业建设点。